成立至今邁入第7屆，組織架構設有理事會、監事會與秘書處，並定期召開理監事會議，由8個功能委員會及中部/南部2個服務中心分別展開會務運作。
原設有北、桃、中、南4個地區分會，自2016年起，由於地區分會不再上繳會費給總會，且已各自成立地區性社團向縣市政府登記立案，如桃區分會前身即為「中華民國企業領袖協進會」且已招收非「領袖班」結業之會員、中區分會已成立「台中市中小企業經營領袖協會」且已招收非「領袖班」結業之會員、南區分會已成立「高雄市中華企業經營領袖協會」，會員非「領袖班」結業者以顧問名之。只有總會始終堅持僅招收「領袖班」結業之會員，以正統校友會【領袖協會】為使命運作會務。
本會第1-5屆皆為一屆一年，自第6屆起修改章程，改為一屆2年，理事長對外代表【領袖協會】，理事與監事皆2年一任，得連選連任一次。
自「領袖班」結訓學員加入本會後，需繳納入會費1,000元、常年會費5,000元。

本會舉辦的「領袖論壇」、「領袖獎」、「全國讀書會」、「海外國際交流」為歷年年度重大活動，獨立於組織架構外之從屬，由專案主委負責辦理規劃、執行、補助與贊助之邀請。

• 2012年首度於4月13日台大醫院國際會議中心舉辦
• 2013年於8月24日中山大學舉辦
• 2014年於10月25日東海大學中正堂正式登場
• 2015年於9月17日福華國際文教會館隆重登場
• 2016年於10月18日圓山大飯店舉辦
• 2017年因故停辦
• 2018年於10月12日台北世貿國際會議中心舉辦。
• 2019年起停辦，以配合「經濟部中小企業處」舉辦的「中小企業領袖傳承高峰會」，期能讓歷屆學長有更深、更長遠以及更多元的領袖傳承。

• 2012年11月30日在台大國際會議中心舉行第1屆頒獎典禮
• 第3屆與第4屆規格提升到最高等級，得獎主皆至總統府由總統親自接見。
• 因大環境有太多獎項爭逐，【領袖協會】為節省經費以實質服務更多學長，故自2016年起暫停舉辦。
• 2020年起轉為推薦優質學長參加新創總會的「創業楷模獎」。

• 2014年首度舉辦，研讀大前研一的「專業」 你的唯一生存之道一書，邀請知名暢銷書作家吳若權導讀，並邀請美國總統教育獎、金曲獎最佳專輯獎得主方銘健教授與陳明虔聲樂家表演
• 2015年，研讀松蒲彌太郎的「創造人生的夥伴」，邀請2009世界名人錄、2013中華民國名人錄的國立彰化師範大學院長張火燦教授導讀。

自2012年起，每年皆組團至新加坡與姐妹會交流，但2019年因國內企業參訪行程眾多，停辦一次。2020年因全球新冠肺炎疫情，停辦一次。

為延續「領袖班」的傳承以及為了讓逾2,000多位學長結業後有再切磋學習的交流園地，創新開辦了「中小企業領袖研究院」（以下簡稱「領袖研究院」）。
此定期講座，邀請「領袖班」結業之各領域傑出學長，分享他們的經營歷程或心法；傳遞具啟發性的新知與創見；闡述跨界資訊、新觀念、新技術、新產業等訊息。
希望透過歷屆學長的共同參與，挖掘並學習到更多專屬於企業主的經驗，預習從中小成長到中大甚至跨國企業的轉型歷程，以此建構一個上善循環的平台，讓領袖班學長有獨特私房管道以系出同門的水平，創新學習、成長與交流。
並邀請創辦「領袖班」的前經濟部中小企業處賴杉桂處長擔任「領袖研究院」院長。設幹部１名執行長、３名副執行長、多名助教及9個工作小組組員。
「領袖研究院」核心主題圍繞「隨經濟」對中小企業的影響，最受推崇的四大特色是：

• 堅持只邀請「領袖班」結業的學長演講
• 講師依北中南地理環境各邀請一位
• 90%與會者為企業主
• TEDx式演講20分鐘＋QA10分鐘＋分組與講師近距離交流討論30分鐘

自2018年5月17日舉辦第一場，至今已舉辦了10場，場場人數百餘人參加，並與國立台北商業大學締約，長期於該校國際會議中心舉辦活動。

為提供會員們的商品有另一個專屬獨特通路，每年年底於五星級飯店舉辦「領袖市集」，提供給會員設攤推廣商品的平台。也發給會員購物禮券至市集消費，讓商機交流充分落實。

為使會員間更熟悉彼此的產品或服務，不定期到某個學長公司聚會，每次聚會不超過20人為限，以達最大交流效益。

本會在第六屆趙淑燕理事長的帶領下，於2019年會員數成長至152人，預計2020年將突破200位會員。
本會亦聘請多位專家顧問提供會員們更多的資源，有媒體顧問—經濟日報周祖誠總經理、產業顧問—財團法人中衛發展中心謝明達董事長、學術顧問—東吳大學董保城副校長等。